زعفران دارای 28 ترکیب آلی فرار است که به نوسانات سطح پیاچ بسیار حساس هستند و در حضور عوامل اکسایش مثل نور و هوا به سادگی تخریب میشود و به همین دلیل است که حتماً میبایست در ظروف دربسته و محفوظ و همچنین، به دور از نور خورشید نگهداری شود.مهمترین ترکیبات موجود در زعفران شامل ترکیبات زرد رنگ که به خوبی در آب محلولاند (مشتقات کروستین)، ترکیبات تلخ از جمله پیکروکروسین که به ویژه مقوی معده میباشند، مواد معطر (اسانس) که مهمترین ترکیب آن سافرانال میباشد که گاهی تا 1درصد زعفران را تشکیل میدهد، روغن ثابت به میزان حداکثر 10درصد، رطوبت حدود 1310 درصد و ترکیبات معدنی حدود 5درصد میباشد. مقدار کروسین که تشکیل دهنده رنگ زعفران است وقتی در حالت غنچه چیده شود، بیشتر است.