موارد منع مصرف مصرف بادام درختی نیز مانند هر مادهی غذایی دیگر میتواند با عوارض و مشکلاتی همراه باشد. افرادی که دارای مشکلات کلیوی یا کیسه صفرا هستند لازم است از خوردن بادام خودداری کنند و یا بهتر است پیش از مصرف با پزشک خود مشورت کنند. این آجیل حاوی اگزالات است و دریافت مقادیر بالای اگزالات میتواند باعث تبلورشود که با عوارض و مشکلات دیگری همراه است. خوردن زیاده از حد این آجیل مغذی بعلاوه میتواند باعث افزایش سطح چربی بدن شود. بادام درختی در عین سالم بودن، کالری زیادی دارد و دریافت بیش از حد کالری میتواند باعث افزایش وزن شود که به نوبهی خود فاکتور خطری برای ابتلا به بیماریهای مختلفی از جمله دیابت نوع 2 و بیماریهای قلبی و عروقی است.